车主次要责任时，保险公司会在责任限额内赔付。依据《机动车交通事故责任强制保险条例》，保险赔付分不同限额，如不及时处理，可能影响赔付进度及权益。
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车主次要责任保险赔偿，操作如下：1. 立即报案给保险公司；2. 提供事故证明等材料；3. 保险公司核定赔偿；4. 如有争议，可协商、仲裁或诉讼解决。
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处理车主次要责任保险赔偿，常见方式有与保险公司协商、申请仲裁或诉讼。根据事故具体情况和赔偿争议大小，选择合适方式解决。