单休变双休扣工资不合法，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
分析：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。双休制是国家法定的休息制度，员工在双休日有权休息，并且不应该因此受到工资上的损失。公司如果因为实行双休制而扣除员工工资，实际上是在剥夺员工的合法权益。
提醒：如果公司坚持扣工资，且拒绝与员工协商或调解，表明问题比较严重，应及时寻求律师或法律援助机构的帮助。
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处理方式：
从法律的角度，遇到单休变双休扣工资的问题，常见的处理方式有与公司协商、向劳动监察部门投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼。
选择方式：
* 首选与公司协商，尝试解决纠纷。
* 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
* 若投诉未能解决问题，可考虑申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
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具体操作：
1. 与公司协商：明确表达自身诉求，要求公司恢复正常的工资支付，并保留协商记录。
2. 向劳动监察部门投诉：提供公司扣工资的证据，如工资条、劳动合同等，并详细说明情况。劳动监察部门将依法对公司进行调查处理。
3. 申请劳动仲裁：如投诉无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁过程中，应提供充分的证据支持自己的主张，并按时参加仲裁庭审。
4. 提起诉讼：如对劳动仲裁结果不服，可向法院提起诉讼。诉讼过程中，应遵守法庭规则，提供充分的证据和法律依据，以维护自己的合法权益。